De Faculteit Godgeleerdheid is één van de eerste vier faculteiten die in 1636, samen met de faculteit van Geneeskunde, Rechtsgeleerdheid en Filosofie, is opgericht bij de oprichting van de Utrechtse universiteit. In de twintigste eeuw waren de hoogleraren de enige medewerkers. De faculteit had een eigen kamer in het gebouw. Het Theologisch Instituut werd in 1953 opgericht. Hier werd onderwijs en onderzoek geconcentreerd. Volgens de Rijksuniversiteit Utrecht bestond het personeel uit de directeur, ambtenaren, assistenten, bibliotheekbediende en schrijfster.
Het bestuur van de faculteit kwam uiteindelijk te liggen bij de faculteitsraad. Deze raad bestond uit de studenten en de gekozen leden uit de staf. Er werden vaste commissies voor onderwijs en onderzoek opgericht. Daarnaast werd er ook een dagelijks bestuur opgericht, waarvan de vergaderverslagen vanaf 1980 pas zijn overgeleverd. In de afdelingen vond het onderwijs en onderzoek plaats. Deze werden na invoering van de WUB vakgroepen. De vakgroepen werden bestuurd door de afdelingsraad, vakgroepbestuur, vakgroepraad en de commissie van overleg.